При пересчете маркированного товара считанные коды маркировки отображаются в табличной части «Коды маркировки», которая выводится в закладке «Товары» при «нажатой» кнопке «(Скрыть/показать КМ)». В идеале количество кодов маркировки, которые стоят на учете, должно соответствовать фактическому количеству товаров. Но код маркировки может быть испорчен\потерян и это приведет к расхождениям.

Если код маркировки находится на учете или на складе и НЕ связан с товарами, то в инвентаризации он может быть связан с ЛЮБЫМ товаром и после проведения документа связка КМ и товара сохраняется в регистре сведений «ГИС МТ: Статусы учета кодов маркировки».
Если код маркировки по регистру связан с товаром, то при считывании кода маркировки этот товар в инвентаризацию будет добавлен автоматически.
Документ не проводится если количество упаковок в указанных по строке табличной части «Товары» кодов маркировки больше чем количество фактическое.

В других случаях возможность проведения документа с расхождениями по кодам маркировки определяется флагом «Пересчёт кодов маркировок» в шапке документа «Инвентаризация».
Если флаг «Пересчёт кодов маркировок» не задан», то документ проводится, если количество КМ меньше чем фактическое количество товара.
Если флаг «Пересчёт кодов маркировок» задан», проведение документа зависит от товарной группы товара в строке табличной части.
Если у товарной группы товара установлен флаг «Разрешить получение новых кодов маркировки взамен испорченных», то документ проводится, если количество КМ меньше чем фактическое количество товара.
Если у товарной группы товара флаг не установлен, для проведения документ необходимо чтобы количество индивидуальных упаковок в указанных кодах маркировки было равно фактическому количеству товара. Т.к. для таких товарных групп испорченный код маркировки равносилен требованию выбросить товар.

При проведении документа коды маркировки, которые НЕ считаны в инвентаризации, но есть на учёте\остатке товара, в регистре сведений «Статусы учёта кодов маркировки» становятся с операцией товародвижения «Не найден».

При проведении документа если флаг «Пересчёт кодов маркировок» НЕ задан», то по всем кодам маркировки из табличной части «Коды маркировки», будет зафиксирован факт, что они есть на остатках по фирме документа.
Если флаг ЗАДАН», то по кодам маркировки документа будет зафиксирован факт, что они на остатках по фирме документа, а для остальных кодов маркировки товаров инвентаризации, которые по фирме документа числятся на остатках, будет зафиксирован факт, что этих кодов маркировки на остатках нет. В последующем такие коды маркировки можно вывести из оборота, через кнопку заполнения документа «ГИС МТ: Вывод товара из оборота» кодами, которых нет на остатках более определенного количества дней. Это связно с тем, что по многим товарным группам вернуть в оборот выведенные из оборота коды маркировки невозможно, поэтому для исключения ситуации, когда код маркировки выведен в следствие не тщательного пересчета, коды маркировки сразу из оборота не выводятся, т.к. они могут быть найдены при проведении следующей инвентаризации. Если код маркировки не находится долгое время, его следует вывести из оборота.