Для этого нужно:

1) В настройках ККМ в основной обработке Штрих-М Драйвер ФР указать СНО - основную систему налогооблажения которая используется

2) Добавить еще одну обработку ККМ для работы с несколькими СНО и указать в ней вторую СНО.

3) Настроить у каждого товара свою секцию и в настройках ККМ установить соответствие ККМ и секций.