Для того чтобы настроить накопление бонусов при оплате, нужно:
1) У всех видов оплат, при оплате которыми будут начисляться бонусы, указать группу видов оплат надбавки («Настройка» → закладка «Дополнительные» → кнопка «Настройка видов оплат»). Вид оплаты «Бонусами» указывать не нужно, чтобы бонусы не начислялись за оплату ими же.
2) В схеме скидки/надбавки («Настройка» → закладка «Скидки/надбавки» → группа настроек «Автоматические скидки/надбавки» → группа «Схемы скидок/надбавок») нужно у реквизита «Применять к группе оплат» выбрать ту группу, к которой относятся нужные виды оплат