Поступление товара, подконтрольному Россельхознадзору, сопровождается как бумажной товарно-транспортной накладной от поставщика, так и электронным ветеринарным сертификатом, которая загружается в систему через универсальный шлюз ВЕТИС.API из базы системы «Меркурий». Дальнейшая оптовая продажа такого товара, либо произведённая на его основе продукция переработки, сопровождается передачей электронных документов в систему «Меркурий». После розничной продажи подконтрольного товара, продавец должен уменьшить остаток партии номенклатуры на подконтрольном предприятии (ХС, предприятие). Для этого в базе системы «Меркурий» следует погасить электронный ветеринарный сертификат на проданную продукцию. Для создания и редактирования документов по учету подконтрольных товаров в меню «Документы» добавлено подменю «ФГИС «ВетИС» (АС «Меркурий»)», которое содержит следующие позиции:

• Оформление транспортных партий;
• Оформление входящих партий;
• Оформление результатов инвентаризации;
• Остатки продукции;
• Загрузка справочников;
• Создание сопоставлений;
• Создание связи площадок;
• Ветеринарно-сопроводительные документы;
• Отражение реализации продукции.

В документах для списания и постановки на баланс продукции ВетИС могут быть выбраны только предприятия, связанные с ХС фирмы.